Hola, bienvenido al foro.
Son normales las cosas que mencionas, en el caso del ventilador si hace mucho calor o si andubiste rapido un buen rato (por ej. regresando de carretera), al apagarlo queda un rato funcionando el ventilador a todo.
En cuanto a la caja es cosa de que te acostumbres, en general la caja es mas dura que la mayoria, yo siempre que manejo otro coche manual y regreso a mi Mini siento la diferencia, la vdd si es muuucha (la diferencia).
Por otro lado tienes el beneficio de que ya tiene 3 años en el mercado el R56, asi que los problemas de coche nuevo deberian de estar mas que solucionados por la planta.
Saludos